关于万祖大尊的结局有不同观点。一种观点认为他最终被周元灭杀的结局在他无耻亲自出手断周元十指夺奇物之时就已注定；另一种说法称他虽面对古圣结局不会太好，可能会被打成狗子，但圣者有其骄傲，不会叛变也不会陨落...

在《元尊》中，武王被周元斩杀，武煌也被周元彻底击杀，武家最终被周元彻底灭了。而武家剩下的武瑶对武家并无亲情感觉，并不恨周元，反而和周元成为了好朋友，最终武瑶和苏幼微离开天源界去了其他界面。

在《元尊》的结局中，圣神之子被指出是《大主宰》中的九目邪神。周元斩杀圣神后，圣神留下的后手即圣神之子，此后，九目邪神在《大主宰》中引发了一系列故事。这使得《元尊》成为了《大主宰》的前传。

在《元尊》的大结局中，周元成功斩杀圣神，与夭夭过上幸福生活并育有一子。结局还出现了新的六尊神，包括武神武瑶、吞噬之神赵牧神、紫霄女神苏幼薇、剑神李纯钧、青神楚青、祖餐之神吞吞。但结局也存在一些令人疑惑...

在《元尊》的结局中，夭夭在最终的决战中为帮助周元达到更高境界牺牲了自己。周元自费修为修炼一百年后，不仅再度成神还唤醒了化为骨头的夭夭，之后两人过上了幸福的二人世界并孕育了一个宝宝。

《元尊》小说已经结局。在结局中，周元与夭夭在一起过上了幸福生活，圣神之子离开天源界成为天邪神，天源界又有了六尊新晋之神，分别是武瑶、赵牧神、楚青、苏幼微、李纯均、吞吞。

《元尊》大结局中，周元跟夭夭在一起了。夭夭为救周元牺牲自己推动其修为，周元成神打败圣神赢下决战。之后圣神之子离开天源界，成为了天邪神。最后周元抽离神骨，复活了夭夭，两人过上了幸福的生活。同时天源界又有...

在元尊的大结局中，正派战胜了反派，圣神被彻底击败并化为神骨。周元自费修为后修炼一百年，不仅再度成神还唤醒了夭夭，并与夭夭过上幸福生活且育有一子。武瑶因归还圣龙气时与周元、苏幼薇魂乳交融，以武瑶为载体诞...

在《元尊》的结局中，周元斩杀了圣神，之后自费修为，修炼一百年后不仅再度成神还唤醒了化为骨头的夭夭，并且跟夭夭过上了幸福的二人世界后，孕育了一个宝宝。此外，武瑶在石龙秘境那回事中意外有了身孕。周元成为苍...

在《元尊》的结局中，夭夭曾在与圣神的战斗中献祭或遭遇困境，但最终被复活。周元自费修为修炼一百年后，不仅再度成神还唤醒了化为骨头的夭夭，之后和夭夭过上了幸福的二人世界并孕育了一个宝宝。