古生物进化论是对古生物起源和发展的一种科学理论探究。 最初，在进化论出现之前，人们受宗教思想影响，认为生物是不变的，是上帝创造了一切。随着生物化石挖掘以及大航海时代发现的新物种，一些人开始思考生物的来源，法国生物学家拉马克提出用进废退和获得性遗传的进化论观点，虽然后来被证明存在争议，但为现代进化论奠定了基础。 达尔文是进化论的重要奠基人。他随船进行五年考察，积累了大量生物素材，发现生物之间存在相似性与连贯性，提出生物是连贯的，所有生物物种由少数共同祖先经长时间自然选择过程演化而成，他的自然选择理论核心是在生物进化历程中，生物会慢慢适应环境，有利生存的特征留存，不利的被淘汰，但这个过程漫长，可能需要数千年甚至数百万年才能看到显著变化。不过达尔文提出进化论时存在时代局限性，当时还没有基因概念、遗传学，也未考虑人类活动和现代科技对生物进化的影响。 随着时代发展，21世纪以分子钟为基础，以蛋白质PAM矩阵和BLOSUM的氨基酸矩阵为证据，在分子系统发生学和进化动力学基础上继续发展达尔文的进化论。现代生物进化理论综合了染色体遗传学说、群体遗传学、物种概念、古生物学和分子生物学等多学科知识，还考虑了人类活动对生物进化的影响，形成了“适者生存，优胜劣汰，人工选择与自然选择相结合”的现代综合进化论。例如，通过基因片段分析，发现人与猿基因有95%的重叠，与植物有50%的重叠，这意味着所有生物可能来源于同一祖先，这也为古生物进化论提供了现代的科学依据。

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